[반대] 포괄위임금지의 측면에서 모법과 하위법령 모두 타당성이 결여됨. “포괄위임금지의 원칙”은 법률이 위임하는 사항과 범위를 구체적으로 한정하지 않고, 특정 행정기관에 입법권을 일반적, 포괄적으로 위임하는 것이 금지된다는 원칙임. 
- 모법의 ‘중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우’라는 문언은, 중소기업에 해당하지 않더라도 하위법이 가령 10년의 유예기간을 두더라도 연구인력개발비에 대한 세액공제 요건을 충족하게 되는 결과를 낳음. 이 점에서 구체성과 명확성의 요건을 일정 부분 충족하지 못한다고 볼 수 있음.
이러한 우려대로 개정안은 “’23.12.31.이 속하는 과세연도의 다음 과세연도 이후에 중소기업 규모기준을 초과한 경우: 5년간 유예(코스피?코스닥 상장 중소기업은 7년간 유예)”라는 고무줄과 같은 유예기간을 두고 있음.

조특법 제10조 제1항 제1호 가목 
“중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 100분의 25)”

[빈데] 기업의 연구 개발 관련 지원이 지속적으로 확대되어 왔고, 그 규모 또한 적지 않은 상태에서 세액공제 대상 비용 확대는 면밀한 검토가 필요함. 인건비를 주된 시간 투입 시 안분계산하겠다는 것이 개정 내용인데, 구체적으로 어떻게 안분하겠다는 것인지, 입증이 가능한지, 이를 검증할 행정 시스템이 마련되어 있는지도 불분명함. 

[빈대] 세액공제를 받기 위해 고의로 사내 벤처회사를 외부 창업 후 다시 인수하여 세금을 부당하게 감면받으려는 행태와 제도의 적정성에 대한 우려가 있음. 제도 설계를 면밀히 개선하지 않은 채 단순히 지배주주 요건을 완화하는 것은 타당하지 않음.

[반대] 인력개발비 세액공제는 기타 기업 대상 조세 지원에 비해 오남용 될 여지가 큼. 한국조세재정연구원에서도 인력개발비 세액공제에 대한 사전적, 사후적 검증을 강화해야 한다는 의견을 제시한바 있음. 현행 제도의 문제점을 개선하기에 앞서 세액 공제 범위를 확대하는 것은 적절하지 않음. 게다가 청년 등 일반에게 제공하는 사내 교육프로그램 비용까지 세액 공제를 확대하는 것은 그 효과성 등을 고려했을 때 타당하지 않음.

[반대] 현재 서울ㆍ수도권 등에 1주택을 소유하고 지방의 미분양 아파트를 추가 구입(공시가격 3억원 이하)할 경우, 1세대 1주택 특례를 적용받고 있음. 지방 미분양주택에 세제 특혜를 주는 형평성 측면에서 부적절함.

1. 제9조 제3항, 제7항의 아래 개정내용은 <별표6>이 2024. 2. 29. 인건비와 사회보험료를 구분하는 방향으로 개정됨에 따라 세액공제대상 비용에 사회보험료가 포함됨을 명확히 하기 위한 규정으로 이해됩니다. 
  제9조제3항제1호가목 본문 중 “직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비”를 “직접적으로 지원하는 사람에 대한 별표 6 제1호가목1)의 인건비및 2)의 사회보험료 상당액”로 하고  
  제9조제7항제1호가목 본문 중 “직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비”를 “직접적으로 지원하는 사람에 대한 별표 6 제1호가목1)의 인건비및 2)의 사회보험료 상당액”로 하고  
2. <별표6> 1. 가. 2) 개정내용은 "제30조의4 제4항 제1호부터 제4호까지"를 "~제5호까지"로 개정하여 장기요양보험료가 공제대상에서 제외되지 않음을 명확화 하기 위한 규정으로 이해됩니다. (참고 : 조문별 제개정 이유서 55.)
3. 그러나, 현행 부칙은 제9조 개정내용은 시행일이 속하는 사업연도, <별표6> 1. 가. 2) 개정내용은 시행일부터 적용하는 것으로 규정함에 따라 2024 사업연도(12월말 결산 법인) 법인세 신고 시 신성장/원천기술/국가전략기술 사회보험료의 포함여부, 연구인력개발비 대상 사회보험료에 장기요양보험료의 포함여부의 해석상 불확실성을 초래합니다. 
4. 따라서, 상기 개정내용에 대해서는 별도의 부칙 규정을 두어 시행일 이후 신고하는 분부터 적용함이 바람직하다고 사료되는 바입니다.