⊙기획재정부공고제2025-10호
「조세특례제한법 시행령」 일부개정령(안) 입법예고를 하는데 있어, 그 이유와 주요내용을 국민에게 미리 알려 이에 대한
의견을 듣기위하여 "행정절차법" 제 41조에 따라 다음과 같이 공고합니다.
2025년 1월 17일
부총리겸기획재정부장관
조세특례제한법 시행령 일부개정령(안) 입법예고
1. 개정이유
혼인세액공제를 신설하는 등의 내용으로 「조세특례제한법」이 개정된 것에 맞추어, 혼인세액공제 관련 신청절차 등을 정하고,
신용카드등소득공제가 적용되는 체육시설이용료 대상시설을 수영장 및 체력단력장으로 하고 공제대상을 시설이용료로
한정하는 등 법률에서 위임된 사항과 그 시행에 필요한 사항을 정하는 한편,
기업의 연구 및 인력개발을 촉진하기 위해 세액공제 적용대상을 확대하고, 첨단전략산업과 미래 유망산업에 대한 지원을
강화하기 위해 연구ㆍ인력개발비 세액공제가 적용되는 신성장ㆍ원천기술 및 국가전략기술을 추가하며, 첨단산업 분야의
해외 우수인재 유치를 위해 외국인기술자에 대한 소득세 감면 적용 대상을 추가하고, 중소기업 취업자 감면 적용 대상업종을
도입취지에 맞게 정비하며, 상반기 근로장려금 지급 유보 요건을 구체화하고, 반기근로장려금 환수방식을 정비하며,
근로장려금 신청안내를 위한 자료수집 범위를 확대하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.
2. 주요내용
가. 세제지원의 대상이 되는 연구개발의 범위에서 이미 연구되거나 개발된 제품ㆍ기술ㆍ서비스ㆍ디자인 등을 단순
보완ㆍ변형ㆍ개선하는 활동이 제외됨을 명확화함.
나. 중소기업 졸업 기준을 일반 연구?인력개발비에 대한 세액공제 적용시 기준과 일치시키기 위해 2023년 12월 31일이
속하는 과세연도 이전에 중소기업 규모기준을 초과한 경우에는 3년간 중소기업 졸업을 유예하고, 2023년 12월 31일이
속하는 과세연도의 다음 과세연도 이후에 중소기업 규모기준을 초과한 경우에는 5년간(코스피?코스닥 상장 중소기업은
7년간) 중소기업 졸업을 유예하며, 제2조제5항에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 3년간 중소기업 졸업을
유예함.
다. 신성장ㆍ원천기술, 국가전략기술 연구개발 세액공제의 적용 대상 비용의 범위를 일반 연구개발 세액공제와 동일하게 하고,
연구개발을 위한 클라우드 이용료를 연구개발 세액공제 적용 대상에 추가함.
라. 연구개발 관련 출연금 등의 과세특례의 범위가 확대되면서 대통령령에 위임 근거가 삭제됨에 따라 관련 조문을 정비함.
마. 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 적용 시 기술가치 금액 평가방식을 기술평가기관이 평가한 금액으로 일원화하고,
기존 지배주주가 피인수법인의 임원으로 재직하면서 보유할 수 있는 지분비율 요건을 100분의 20까지로 완화함.
바. 개인투자조합을 통해 벤처기업등에 투자한 경우 소득공제를 적용받는 투자액은 개인투자조합에 출자한 누적 금액과
벤처기업등에 투자한 누적 금액을 기준으로 계산함을 명확히 하고, 벤처투자 선순환 지원을 위해 개인투자조합에 출자
시 소득공제 추징에서 제외되는 사유를 추가함.
사. 첨단산업 해외 우수인재 유치를 위해 「첨단산업 인재혁신 특별법」에 따른 우수 해외인재로서 고시하는 기준에 해당하는
자의 경우에도 외국인기술자에 대한 소득세 감면을 적용받을 수 있도록 대상을 확대함.
아. 연구개발 세액공제 적용 대상에 장기요양보험료의 사용자 부담분이 포함됨을 명확히 함.
자. 자사의 임직원용 교육프로그램을 임직원이 아닌 자에게 제공하는데 추가적으로 소요되는 비용을 인력개발비 세액공제
범위에 추가함.
차. 신성장ㆍ원천기술, 국가전략기술 연구개발 세액공제의 대상이 되는 소재ㆍ부품ㆍ장비 기술이란 최종생산물의
고부가가치화에 기여가 크거나 첨단기술 또는 핵심고도기술이 수반된 기술 등을 의미하는 것으로 구체화함.
카. 신성장ㆍ원천기술의 범위에 친환경 수소 생산기술을 추가하고, 국가전략기술에 차세대 3D 적층형 반도체
설계ㆍ제조기술 등을 추가하는 등 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되는 신성장ㆍ원천기술과 국가전략기술
범위를 확대함.
타. 사업에 직접 사용하지 않고 다른 사람에게 임대할 목적으로 취득한 자산(임대사업자가 취득한 임대용 자산을 포함한다)을
통합투자세액공제 적용 대상에서 제외함.
파. 개인과 법인 간의 과세형평을 제고하기 위해 조세특례제한법상 중소기업의 범위에서 부동산임대업과 성실신고확인대상
소규모 법인을 제외함.
하. 기업규모별 조세특례 적용대상을 합리화하기 위해 조세특례제한법상 중견기업의 범위에서 부동산임대업과
성실신고확인대상 소규모 법인을 제외함.
거. 고임금·전문직종 등에 해당하는 수의업, 부동산 임대업, 가상자산 매매 및 중개업, 관세사법상 통관업을 중소기업의
채용상황을 감안하여 운영 중인 제도임을 고려하여 중소기업 취업자 소득세 감면 대상 업종에서 제외함.
너. 중소기업 청년근로자 및 핵심인력 근로자가 성과보상기금 수령액에 대해 소득세 감면을 받을 수 있는 성과보상기금의
공제사업의 구체적 범위를 고시에 위임함.
더. 북한이탈주민의 취업 및 고용유지를 지원하기 위해 통합고용세액공제 우대대상에 북한이탈주민을 추가함.
러. 공제제도의 합리적 운용 및 조세회피 방지를 위해 통합고용세액공제 신청시 제출해야하는 서류에 상시근로자 명세서를
추가함.
머. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 과세특례 적용 시 완전자회사의 자기주식에 대해 완전모회사등의 주식을 배정하지 않는
경우의 완전자회사에 대한 지분비율은 자기주식을 제외하고 계산하도록 규정함.
버. 벤처기업 복수의결권주식 취득시 현물출자로 발생한 양도소득세에 대한 과세이연 신청방법, 과세이연된 양도소득세
납부방식 등 제도 운영에 필요한 세부 사항을 규정함.
서. 양도소득세 및 종합부동산세 과세특례를 적용받는 인구감소지역주택의 세부요건을 수도권 및 광역시 소재 주택 제외,
공시가격 4억원 이하 등으로 규정함.
어. 양도소득세 및 종합부동산세 과세특례를 적용받는 수도권 밖의 지역에 있는 준공후미분양주택의 세부요건을 전용면적
85제곱미터 이하, 취득가액 6억원 이하 등으로 규정함.
저. 기회발전특구에서 창업할 경우 세액감면을 받을 수 있는 업종에 신ㆍ재생에너지 및 천연가스를 공급하는 사업을 추가함.
처. 국민 자산형성 지원을 위해 개인투자용국채에 대한 과세특례 대상을 만기 10년 이상에서 5년 이상으로 확대함.
커. 근로장려금 홑벌이 가구 판정 시, 거주요건이 적용되지 않는 직계존속인 장애인의 구체적 범위를 연령요건이 적용되지
않는 직계존속인 장애인의 범위와 동일하게 규정함.
터. 상반기 근로장려금 심사 기간 내에 파악되는 당해연도 재산 등을 기준으로 상반기 근로장려금 지급을 유보할 수 있도록
지급유보 세부요건을 규정함.
퍼. 근로장려금 환수에 따른 저소득층 부담 완화를 위해 근로ㆍ자녀장려금에서 환수금을 차감하는 기간을 현행 5년에서
10년으로 연장함.
허. 근로장려금 신청안내 등에 노숙인 복지시설에 관한 자료, 노숙인 복지시설에 입소한 노숙인에 관한 자료 및 주택 임대차
계약 신고자료를 활용할 수 있도록 함.
고. 근로장려금 맞벌이가구 소득상한기준이 4,400만원으로 확대됨에 따라 소득구간별 근로장려금 지급액을 규정하는
산정표를 개정함.
노. 가업의 승계에 대한 증여세 과세특례를 적용받기 위해 증여자가 가업영위기간의 100분의 50 이상의 기간 등을
대표이사로 재직하도록 함.
도. 대토보상에 대한 과세특례 적용을 위해 공익사업시행자가 통보하는 보상명세 제출 기한을 해당 보상계약의 체결일이
속하는 달의 다음 달 말일로 명확히 함.
로. 혼인세액공제를 받고 혼인이 무효가 된 경우 가산세 및 이자상당액 부과와 관련된 규정, 혼인세액공제 적용을 위한
신청서류 및 절차 규정 등 제도 운영에 필요한 세부 사항을 규정함.
모. 부동산 양도금액 연금계좌 납입시 양도소득세 과세특례를 적용받는 부동산의 세부요건과 신청절차 및 사후관리의
구체적 사항을 규정함.
보. 해운기업에 대한 법인세 과세특례 적용 시 기준선박이 아닌 선박에 대한 운항일이익을 기준선박에 대한
운항일이익보다 100분의 30 할증하여 적용함.
소. 용역제공자에 관한 과세자료 제출에 대한 세액공제 금액을 용역제공자 1인당 300원에서 500원으로 상향함.
오. 건설기계의 양도차익 중 일부에 대해 다른 건설기계의 대체취득을 조건으로 3년간 총수입금액에 분할 산입하는
과세특례를 적용받을 수 있도록 함에 따라 적용대상 및 분할 산입 금액 계산방법 등의 세부사항을 규정함.
조. 신용카드등소득공제가 적용되는 체육시설이용료 대상시설을 수영장 및 체력단련장으로 규정하고 공제대상을
시설이용료로 한정함.
초. 소비자가 현금영수증을 받지 못한 경우 현금거래사실 확인신청을 통해 소득공제 적용을 받을 수 있는 기한을 3년에서
5년으로 확대함.
코. 세원투명성 제고를 위하여 면세점 송객용역에 대한 부가가치세 매입자 납부특례를 신설하는 내용으로
「조세특례제한법」이 개정됨에 따라, 송객용역의 정의, 부가가치세 입금기한 등 특례 시행에 필요한 사항을 규정함.
토. 조세회피 방지를 위해 감면기간 내에 청년창업자가 감면요건을 미충족할 경우 잔존기간에 적용되는 감면율을 규정하고,
감면기간 내에 감면율이 낮은 지역으로 사업장을 이전하거나 지점 또는 사업장을 설치할 경우에는 해당 사유가 발생한
연도부터 사업장을 이전하거나 지점 또는 사업장을 설치한 지역에서 창업한 것으로 간주함.
포. 일반 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제와 최저한세 적용시 중소기업 졸업유예기간은 세액감면을 적용할 때 중소기업
졸업 유예기간과 동일하게 개정함.
호. 조세특례제한법에서 공장 이전시 감면제외 업종을 삭제함에 따라 시행령에 위임된 관련 조문을 정비함.
구. 제11차 한국표준산업분류 개정으로 ‘가상자산 매매 및 중개업’이 신설된 것을 반영해 “블록체인 기반 암호화자산 매매 및
중개업”을 한국표준산업분류 상 업종명인 “가상자산 매매 및 중개업”으로 변경함.
누. 조세특례 평가 면제 대상으로 이중과세의 조정 등 재정지원의 성격이 없는 사항을 추가함
3. 의견제출
이 개정안에 대해 의견이 있는 기관ㆍ단체 또는 개인은 2025년 2월 5일까지
국민참여입법센터(http://opinion.lawmaking.go.kr)를 통하여 온라인으로 의견을 제출하시거나,
다음 사항을 기재한 의견서를 기획재정부(참조：조세특례제도과, 전화 (044)215-4131, 4136
팩스(044)215-8063, 이메일 gfxm140@korea.kr)에 제출하여 주시기 바랍니다.
가. 예고 사항에 대한 찬성 또는 반대 의견(반대 시 이유 명시)
나. 성명(기관ㆍ단체의 경우 기관ㆍ단체명과 대표자명), 주소 및 전화번호
다. 그 밖의 참고 사항 등
※ 제출의견 보내실 곳
- 일반우편 : 세종특별자치시 도움6로 42 정부세종청사 중앙동 기획재정부 조세특례제도과
- 전자우편 : gfxm140@korea.kr
- 팩스 : 044-215-8063
4. 그 밖의 사항
개정안에 대한 자세한 사항은 기획재정부(아래 참조)로 문의하여 주시기 바랍니다.
