⊙기획재정부공고제2025-12호
소득세법 시행령 일부개정령안 입법예고를 하는데 있어, 그 이유와 주요내용을 국민에게 미리 알려 이에 대한 의견을
듣기위하여 "행정절차법" 제 41조에 따라 다음과 같이 공고합니다.
2025년 1월 17일
부총리겸기획재정부장관
소득세법 시행령 일부개정령안 입법예고
1. 개정이유
기업출산지원금 및 종업원 할인금액에 대한 비과세 제도가 도입됨에 따라 그 비과세 소득의 구체적인 범위 등 법률에서
위임된 사항과 그 시행에 필요한 사항을 정하고, 거주자 판정기준을 합리화하며, 부동산 연금화 촉진을 통해 노후생활 안정을
지원하기 위해 부동산 양도차익의 연금계좌 납입대상을 확대하고, 상장지수집합투자기구가 지수 구성종목을 교체함에 따라
계산한 이익금 중 분배를 유보할 수 있는 이익금의 범위를 명확화하며, 양도소득세 중과가 배제되는 임대주택에 의무
임대기간이 6년인 단기민간임대주택을 포함하고, 다주택자 양도소득세 중과 한시 적용배제 기한을 1년 연장하며, 가상자산
과세 합리화를 위해 취득가액 산정방식을 보완하는 한편, 퇴직소득 정산 시 퇴직소득세액 계산방법 및 정산절차를 보완하는
등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.
2. 주요내용
가. 국내에 거소를 두고 있던 개인이 일시 출국하는 경우 국내에 거소를 둔 기간으로 보는 경우에 대한 구체적인 사유를
시행규칙에서 규정하기 위한 위임규정을 추가하고, 1년 중 183일 이상 국내에 거소를 둔 경우 외에도 전년도부터 계속하여
183일 이상 국내에 거소를 둔 경우에도 국내에 183일 이상 거소를 둔 것으로 봄.
나. 실비변상적 급여로서 비과세 대상인 국외근로소득에 「중소기업 진흥에 관한 법률」에 따른 중소벤처기업진흥공단의
종사자가 지급받는 국외근로수당등을 추가함.
다. 기업출산지원금 비과세 적용 대상에서 사업자와 친족관계에 있거나 법인인 지배주주와 경영지배관계등에 있는 자를
제외하고, 기업출산지원금을 3회 이상 지급받은 경우 최초 2회분에 대해서만 비과세를 적용하도록 함.
라. 종업원 할인혜택 비과세 금액을 시가의 20% 또는 연 240만원 중 큰 금액으로 하고 비과세 요건이 되는 재판매
금지기간을 자동차 등 내용연수 5년 초과 품목은 2년, 그 외 품목은 1년으로 규정함.
마. 기타소득 중 실비변상적 급여로서 비과세 대상인 소득에 종교인 본인 명의로 임차한 차량을 직접 운전하여 종교활동에
이용함으로써 종교단체로부터 지급받은 금액을 포함함.
바. 「보험업법」에 따른 생명·손해보험계약 등과 유사한 생명·손해보험계약도 저축성 보험의 보험차익 대상이 되는
보험계약의 범위에 포함됨을 명확히 하고, 역외 보험회사와 체결한 보험계약 및 국내법령에 규정되지 않은 보험계약을
비과세 저축성보험 범위에서 제외함.
사. 상장지수집합투자기구가 지수 구성종목을 교체함에 따라 계산되는 이익의 범위에 이자·배당 등은 분배를 유보할 수 있는
범위에서 제외하고, 상장지수집합투자기구로서 증권시장에서 거래되는 주식의 가격만을 기반으로 하는 지수의 변화를
그대로 추적하는 것을 목적으로 하는 집합투자기구는 이자·배당이익 분배 유보를 선택할 수 있도록 함.
아. 2025년 7월 1일 이후 투자계약증권과 비금전 신탁 수익증권의 형태로 운영되는 조각투자상품에서 지급되는 이익은
배당소득으로 분류하여 과세하는 내용으로 「소득세법」이 개정됨에 따라 적격 조각투자상품의 범위 및 이익을 구체적으로
규정하고, 해당 배당소득의 수입시기를 그 이익을 지급받은 날로 규정함.
자. 임원등에 대한 할인혜택에 따른 이익에 해당하는 소득의 유형을 자사 또는 계열회사로부터 직접 할인받는 경우와 지원금을
지급받는 경우 등으로 구체적으로 규정하고, 시가 판단 시 「법인세법」 제52조에 따른 시가판단 기준을 따르도록 함.
차. 부부 합산 1주택인 기초연금수급자가 10년 이상 보유한 부동산을 양도한 경우 그 양도차익을 평생 1억원을 한도로
연금계좌에 불입할 수 있도록 허용함.
카. 사업자가 임원등에 대한 할인혜택을 지급하는 경우 해당 소득과 관련된 사업자 또는 계열회사의 총수입금액과
필요경비의 범위를 규정함.
타. 기준시가가 12억원을 초과하는 주택을 2채 소유한 자의 전세 보증금 합계액이 12억원을 초과하는 경우 간주임대료를
소득세 과세대상으로 규정함.
파. 감가상각 대상 사업용 무형자산 범위에 영업권, 특허권, 광업권 등과 유사한 기타 무형자산을 포함함.
하. 전년도 회계연도 결산결과 공표일 전 퇴직한 자에 대해 노조회비 기부금 세액공제 적용 시 전전연도 결산결과가 공표된
경우에도 공제적용이 가능하도록 함.
* 「노동조합 및 노동관계조정법 시행령」이 정하는 공시시스템에 직전 회계연도의 결산결과가 공표된 노동조합에
가입한 사람이 납부한 회비에 대해 기부금 세액공제 적용
거. 주무관청은 공익목적 위반 사실이 있는 공익단체를 국세청에 통지하도록 하고, 국세청은 지정취소된 공익단체를
주무관청에 통지하도록 의무를 신설함.
너. 가상자산의 양도로 발생하는 소득금액 산출시 거주자별로 총평균법을 적용하여 계산하도록 하고, 국내 가상자산사업자를
통하지 않고 취득한 가상자산에 대해 장부 미비 등으로 취득가액 확인이 어려운 경우 동종 가상자산 전체에 대하여 양도가
액의 50%를 필요경비로 인정할 수 있도록 함.
더. 소득세법상 장애인 추가공제 적용을 위한 장애인의 범위를 중증질환, 희귀난치성 질환 또는 이와 유사한 질병ㆍ부상으로
인해 중단 없이 주기적인 치료를 요하는 자로서 의료기관의 장이 취업ㆍ취학 등 일상적인 생활에 지장이 있다고 인정하는
자로 명확히 함.
러. 대출기관으로부터 주택임차자금을 차입하여 종전 대출기관의 차입금을 상환하는 경우 해당 주택임차자금 차입금에 대해
소득공제를 적용함.
* 현행은 대출기관이 주택임차자금 차입금을 임대인 계좌로 직접 보내주는 경우에만 주택차입자금 관련 소득공제 허용
머. 장기주택저당차입금 이자상환액에 대한 소득공제가 적용되는 비거치식 분할상환 방식 적용 요건 중 매년 차입금의
일정금액을 상환해야 하는 요건을 매년 차입금의 상환월수에 비례하여 일정금액 이상을 상환하면 충족되는 것으로
명확히 함.
버. 간접투자회사 등으로부터 지급받은 소득에 대한 외국 납부세액공제 계산방법을 보완하고, 외국납부세액계산서를 납세지
관할 세무서장에게 제출하도록 개선함.
서. 추계신고 또는 추계조사로 소득금액 결정ㆍ경정시 기준경비율에 의한 추계소득금액의 상한을 단순경비율에 따른
소득금액에 일정한 배율을 곱한 금액으로 적용하는 기한을 2027년 12월 31일까지 3년 연장함.
어. 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세 및 장기보유특별공제 특례 적용시 주택 매매계약에 따라 주택을 주택 외의
용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 양도일이 아닌 매매계약일을 기준으로 1세대 1주택 여부를 판단하도록 함.
저. 장기임대주택 보유자의 거주주택 양도소득세 비과세를 횟수 제한없이 적용하도록 개선함.
처. 주권상장법인의 주식등의 과세 대상이 되는 대주주 해당여부를 판단함에 있어 법인 주주는 주주1인에서 제외됨을
명확히 함.
커. 토지와 건물을 일괄 취득·양도하는 경우 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물 등의 가액을 구분한 경우 등에는
기준시가 등으로 안분계산하지 않고 구분된 토지와 건물의 가액을 인정하도록 함.
터. 민간임대주택의 원활한 공급을 지원하기 위하여 양도소득세 중과가 배제되는 임대주택에 의무 임대기간이 6년인
단기민간임대주택을 포함하고, 양도소득세 중과가 배제되는 장기민간건설임대주택의 가액요건을 현행 기준시가
6억원에서 9억원으로 상향함.
퍼. 조정대상지역에 있는 주택을 2년 이상 보유한 다주택자가 해당 주택을 양도하는 경우 양도소득세 중과세율의 적용이
배제되는 기한을 ‘2025년 5월 9일’에서 ‘2026년 5월 9일’로 1년 연장함.
허. 사모 국외투자기구도 실질귀속자로 간주하도록 소득세법이 개정됨에 따라 사모 국외투자기구가 비과세 적용을 받기
위해서는 본인 명의로 제출하도록 하고, 소득지급자와 적격외국금융회사등이 납세지 관할 세무서장에게 정기적으로
제출하던 거래·보유명세서를 보관·비치하게 하고, 납세지 관할 세무서장이 해당 자료의 제출을 요구하는 경우 제출하도록
함.
고. 비거주자의 가상자산 양도로 발생하는 소득금액 산출시 가상자산 주소별로 이동평균법을 적용하여 계산하도록 함.
노. 퇴직소득세액 정산 시점의 산출세액에 맞추어 이연퇴직소득세액을 재계산하고 이를 토대로 정산한 퇴직소득세를
원천징수하도록 하며, 퇴직소득세액 정산 이후 이연퇴직소득을 수령하는 경우에는 정산 당시 변경사항을 반영한
이연퇴직소득세를 원천징수하도록 함.
도. 직전 과세기간에 발급한 기부금영수증금액의 합계액이 3억원 이상인 자에 대하여 전자기부금영수증을 의무적으로
발급하도록 함.
로. 현금영수증가맹점 외에 현금영수증을 의무적으로 발급하여야 하는 사업자에 대해서도 현금영수증 발급의무 위반 시
거래상대자가 관할 세무서장등에게 신고하는 절차를 규정함.
모. 가상자산 거래내역 등을 제출해야 하는 가상자산사업자의 범위를 「특정 금융거래정보의 보고 및 이용 등에 관한 법률」에
따라 신고가 수리된 가상자산사업자에서 「가상자산 이용자 보호 등에 관한 법률」에 따른 가상자산사업자로 변경함.
보. 근로자 납세조합에 대한 교부금 지급기준을 매월 징수ㆍ납부한 소득세액의 2%부터 10%까지에서 1%부터 10%까지로
변경함.
소. 기념품, 관광 민예품 및 장식용품 소매업, 사진 처리업, 낚시장 운영업, 기타 수상오락 서비스업을 현금영수증
의무발행업종에 추가함.
오. 가상자산 과세자료 제출의무와 관련한 명령을 이행하지 않는 가상자산사업자에게 수입금액이 1,000억원을 초과하는
경우 2,000만원, 500억원 초과 1,000억원 이하인 경우 1,500만원, 100억원 초과 500억원 이하인 경우 1,000만원, 100억원
이하인 경우 500만원의 과태료를 부과ㆍ징수할 수 있도록 함.
3. 의견제출
이 개정안에 대하여 의견이 있는 기관·단체 또는 개인은 2025년 2월 5일까지
국민참여입법센터(http://opinion.lawmaking.go.kr)를 통하여 온라인으로 의견을 제출하시거나,
다음 사항을 기재한 의견서를 기획재정부(아래 참조)에 제출하여 주시기 바랍니다.
가. 예고사항에 대한 찬성 또는 반대 의견(반대 시 이유 명시)
나. 성명(기관·단체의 경우 기관·단체명과 대표자명), 주소 및 전화번호
다. 그 밖의 참고 사항 등
※ 제출의견 보내실 곳
- 일반우편 : (30112) 세종특별자치시 도움6로 42 정부세종청사 중앙동 기획재정부 소득세제과
- 전자우편 : 아래 참조
- 팩스 : 아래 참조
4. 그 밖의 사항
개정안에 대한 자세한 사항은 기획재정부(아래 참조)로 문의하여 주시기 바랍니다.
