전부개정 시에는 원칙적으로 가지번호를 사용하지 않습니다. 전부개정은 종전의 법령을 제도상 동질성을 유지하면서 새로운 법령으로 대체하는 개정방식이며, 가지번호 방식은 기존의 조나 호 사이에 새로 조나 호를 신설하는 경우, 조나 호의 순서가 하나씩 밀리면서 생기는 복잡함을 해소하기 위한 입법기술입니다.
기존 법령을 새로운 법령으로 대체하는 전부개정 방식에서는 조나 호의 순서가 밀리는 문제가 발생할 수 없으므로, 가지번호 방식을 활용하는 것은 바람직하지 않습니다. 만약 가지번호를 유지해야 하는 사정이 있다면, 일부개정 방식을 택하는 것이 바람직할 것입니다.
